潔凈室工程是一種新型國內工程技術，其中潔凈室的要求與普通意義上的干凈整潔是不同的，潔凈室的潔凈度要求是分子級別的，即對空間內的微粒、細菌、氣體分子組成等都有嚴格的要求。有些行業必須應用潔凈室工程才能生產出合格產品，而有些場所則被規定必須使用潔凈室，下面介紹幾種需要應用潔凈室工程的行業。
一、電子工業
電子工業生產中的有些核心步驟必須在潔凈室工程設備的保護下進行，例如大型集成電路的合成使用對空氣中灰塵雜質含量要求很高，否則將會影響核心器件的精密度與靈敏度，直接導致產品不合格，此外如半導體、液晶屏、光盤等的制造也都對潔凈室工程有著不同的標準。
二、醫療行業
醫療行業是一個與人們生活息息相關的特殊行業，潔凈室工程在醫療行業應用也很廣泛，首先是醫院的手術室必須使用無塵無菌的潔凈室，這是對病人及醫護人員手術安全的基本保障措施，同時為了保證檢查數據的精確性，某些特殊醫療器械也必須在無塵潔凈室中使用。
三、食品行業
潔凈室工程應用在食品飲料行業的市場潛能也很大，為了加強食品的安全衛生，其制造場所的潔凈程度就必須提高，潔凈室無菌生產在國外食品制造業應用已經很廣泛，國內也會逐漸加強對食品安全的要求。
潔凈室對分子級別的微粒控制嚴格，能創造一定空間的無菌環境，這能很好的解決困擾現代醫療手術中細菌感染的問題，同時無菌環境也是食品生產最安全的環境條件，食品衛生問題的解決離不開潔凈室工程，其中電子工業無塵室是最常用的潔凈室工程，電子產品質量的提升正是得益于這一技術。以上就是潔凈室工程應用最為廣泛的三個的行業。